蔬菜花卉所科研人员经多年潜心研究与实践，在甜、辣椒种质资源创新、抗病育种技术、分子标记辅助育种技术及新品种选育研究等方面达到国际先进水平，其中甜椒胞质雄性不育恢复系分子标记辅助选择技术处于国际领先地位。
从引进的甜、辣椒种质资源中，鉴定评价出230份优良育种原始材料，采用常规育种技术与生物技术、抗病鉴定技术相结合，创新出优异亲本自交系11份。在国内首次育成抗疫病兼抗黄瓜花叶病毒（CMV）、适合保护地长季节栽培的甜椒优异自交。
在国内率先进行了甜、辣椒主要病毒原种群的鉴定，明确了我国华北地区的主要病毒原种群，并对株系进行了划分。在国内最早建立了病毒病、疫病的多抗鉴定技术体系。
在国际上首次报道了甜椒胞质雄性不育恢复性的QTL定位，并建立了甜椒胞质不育恢复性与抗疫病的分子标记辅助选择体系，结合花药（小孢子）培养技术开展了甜、辣椒优异种质资源的创新。
利用创新的自交系，育成了具有自主知识产权的新品种3个。其中“中椒6号”是我国种植面积最大的微辣型辣椒品种，“中椒7号”是目前国内北方地区最佳的大果型适于保护地早熟栽培的甜椒品种，“中椒8号”是适合我国北方地区越夏恋秋栽培的甜椒品种。这3个品种在全国已累计种植600多万亩，成为我国北方和中南地区甜、辣椒主栽品种，增加经济效益20多亿元。
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