2016年，中国农业科学院贯彻落实创新驱动发展战略，围绕科技创新工作，制定院科技发展“十三五”规划，围绕规划重点任务，全面推进基础研究引导、重大项目储备、重大成果培育、重大平台推进、农业智库建设等五大计划实施，统筹优化配置科技资源，为规划目标的实现提供核心支撑。
制定“十三五”科技发展规划，引导创新发展方向。全面对接落实国家创新驱动发展战略纲要、“十三五”国家创新规划和全国农业现代化规划，研究制定《中国农业科学院 “十三五”科学技术发展规划》，编制完成《“十三五”科技发展规划实施方案》，系统部署世界一流现代科研院所、科学（技术）中心、卓越团队、重点项目、平台建设、机制创新等重点任务，为中国农科院“十三五”科技创新谋划了路径。组织全院12个战略研究团队,通过广泛调研分析，编制出版《跨越“2030”农业科技发展战略》，提出未来我国农业科技中长期跨越发展目标、布局、路径与重点任务。
实施“重点项目储备计划”“基础研究引导计划”，立项实现开门红。2016年主持国家重点研发计划“化肥农药减施”等10个专项的32个项目，经费17.6亿元，在农口专项中立项数达25.2%，经费31.4%，充分体现了国家队优势。国家自然科学基金项目立项规模稳中有升，获批项目数量与经费总额再次创历史新高，共获科学基金资助项目321项，经费1.6亿元，其中面上和青年项目分获141和161项，创新群体1项，重点及合作类项目17项，其他类项目1项。“棉花种质创新和高产分子育种”团队获得国家自然科学基金创新研究群体资助。
实施“重大成果培育计划”，成果产出快速增长。加大成果培育力度，对重大品种、重点产品、主推技术、苗头成果进行持续跟踪培育。2016年获得各类科技奖励111项，发表科技论文4722篇，其中在《自然•遗传》等顶尖学术期刊上发表论文13篇，授权专利1408项，审定新品种130个。基础研究方面，在芥菜基因组结构和起源解析，白菜、甘蓝和油菜的重要性状调控基因挖掘，水稻-稻瘟菌互作过程新机制研究等方面取得重要进展。重大成果方面，全院7项成果获得国家科学技术奖励，其中作科所“小麦种质资源与遗传改良创新团队”获得农业领域第一个国家创新团队奖；14项成果获农牧渔业丰收奖。8项专利获得中国专利优秀奖。43项成果获省级科技奖励。宏观战略研究方面，组建第八届院学术委员会，开展系列学术咨询活动；农业经济与政策顾问团提交的多篇战略研究报告得到国家领导人重要批示，为国家宏观决策发挥了积极作用。
扎实推进国家农业科技创新联盟建设，搭建农业科技工作新平台。以资源共享为抓手，成立了农作物种质资源联盟，为全国无偿提供优异种质资源达3000多份次；成立了农业大数据与信息服务联盟，为联盟成员单位提供科技资源在线下载和1小时快速原文传递服务等。以产业发展技术瓶颈为抓手，成立了马铃薯产业联盟，开发马铃薯主食产品6大系列250余种；成立了棉花产业联盟，在新疆、黄河、长江三大棉区谋划建设一批优质棉科技示范园；成立了奶业科技创新联盟，开展了奶源生产、乳品加工、监测、营养功能、质量安全风险评估等技术创新；成立智慧农业联盟，推动农业信息化建设，深度融合一二三产业；成立了农业废弃物循环利用联盟，系统制定农业废弃物循环利用方案，推动农业环境污染等问题的解决；以解决企业发展的技术瓶颈问题为抓手，协助农业部科教司共同成立了天敌昆虫等14个企业联盟，初步构建起了“企业主导、专家开方、协同创新、利益共享”的运行机制。以区域发展重大问题为抓手，针对东北黑土地保护、华北地区节水保粮、南方稻田重金属防治等重大区域发展问题开展协同创新；指导成立了京津冀、西北五省等6个区域联盟，本年度争取各地方政府对区域联盟的资金支持达5.5亿元。
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