十字花科数据库BRAD重建升级

  近期,中国农业科学院蔬菜花卉研究所蔬菜分子设计育种创新团队在《核酸研究(Nucleic Acids Research)发表研究论文,报道了第三版十字花科数据库(BRAD V3.0)的重建升级。该数据库整合了已发表的十字花科物种基因组、转录组等组学数据资源,已成为十字花科植物最重要的数据库之一,对十字花科植物组学数据资源的挖掘利用和分子设计育种的研究具有重要的价值。

  十字花科数据库BRAD重建升级

  据王晓武研究员介绍,十字花科植物包含模式植物拟南芥,以及白菜、甘蓝、油菜等重要的蔬菜和油料作物,具有非常重要的科研和经济价值。其中许多重要物种的大量组学数据(包括基因组、转录组和变异组等)已陆续被报道。科研团队于2011年率先主导完成白菜基因组的测序及组装,并建立了十字花科芸薹属作物基因组数据库Brassica database(BRAD, http://brassicadb.org)。2015年该数据库整合了13个十字花科物种的基因组数据及共线性关系的信息,并升级到2.0版本。该数据库极大地促进了国内外芸薹属物种的研究。随着测序技术的发展,越来越多的十字花科组学数据被公布,BRAD数据库面临不断地更新和升级的需求。

  该研究通过重建BRAD数据库,收录整合了36个十字花科物种基因组及308份样品的转录组和3个物种(白菜、甘蓝和油菜)群体变异数据,并搭建了共线性分析等重要工具,升级为BRAD V3.0版本。其主要特点在于提供了系统的十字花科物种间基因共线性关系,极大地方便了利用拟南芥基因功能信息对十字花科作物开展深入研究。另外,该数据库还新增了微共线性分析、系统发育树构建、变异图谱和引物设计等特色功能。构建了简单且用户友好的网络界面,有利于非信息专业研究人员和育种工作者访问、查询和分析数据。该数据库长期持续地更新十字花科物种组学数据,为十字花科作物功能基因组研究和分子设计育种提供重要的信息平台和数据支撑。

  该研究获得国家重点研发计划、国家自然科学基金以及中国农业科学院科技创新工程等资助。(通讯员 许铁敏)

  原文链接:https://academic.oup.com/nar/advance-article/doi/10.1093/nar/gkab1057/6424756

  十字花科数据库BRAD重建升级

版权声明:本文内容由互联网用户自发贡献,该文观点仅代表作者本人。本站仅提供信息存储空间服务,不拥有所有权,不承担相关法律责任。如发现本站有涉嫌抄袭侵权/违法违规的内容, 请发送邮件至 举报,一经查实,本站将立刻删除。

(0)
上一篇 2022年5月12日 下午12:22
下一篇 2022年5月12日 下午12:24

相关推荐

  • 开源网络项目管理系统

    开源网络项目管理系统: 助力企业高效协同 随着互联网技术的快速发展,企业对于软件开发和项目管理的需求也越来越强烈。传统的手工管理方式已经无法满足现代企业的高效协同需求,因此开源网络…

    科研百科 2024年12月26日
    0
  • 系统集成管理和项目管理

    系统集成管理和项目管理是软件开发中非常重要的两个概念,它们都是软件开发生命周期中不可或缺的一部分。本文将探讨系统集成管理和项目管理的基本概念、作用以及如何更好地应用它们来促进软件开…

    科研百科 2025年6月8日
    2
  • 平乡县非公企业和社会组织党建工作指导员管理暂行办法(二)(非公企业和社会组织专职党建工作指导员)

    第四章 日常管理 第十条 建立请销假制度。党建工作指导员每月在派驻单位工作不少于3天,不能按规定时间工作的,要事先向派出单位报告批准,假期结束后要及时销假。 第十一条 建立工作报告…

    科研百科 2023年6月10日
    269
  • 简历中科研项目经历模板

    科研项目经历模板 作为一名拥有多年工作经验的工程师,我一直在寻找能够展示我技能和知识的项目经历。通过参加科研项目,我不仅学到了新的技能,还拓宽了我的视野。在这篇文章中,我将分享我的…

    科研百科 2025年4月19日
    1
  • 信息系统项目管理师 2022

    信息系统项目管理师2022 随着信息技术的不断发展,信息系统项目管理师的需求也在不断增加。作为一个专业的项目管理师,需要具备广泛的知识和技能,以确保项目能够按时完成,并在预算范围内…

    科研百科 2024年8月13日
    27
  • 档案管理系统方案

    档案管理系统方案 随着数字化时代的到来,档案管理已经成为了一个越来越重要的话题。档案管理系统可以帮助人们有效地管理大量的档案,提高档案管理的效率和质量。本文将介绍一种档案管理系统方…

    科研百科 2024年8月30日
    51
  • 一些地方开展产业链党建存在

    一些地方开展产业链党建存在一些地方开展产业链党建存在。比如政策,比如未来,在现在的国家,每个地方的政策,都是越来越丰富多彩的,因此,国家政策,比如说我国的工业化, 还是非常重要的。…

    科研百科 2024年11月20日
    0
  • 财政部《国务院办公厅关于改革完善中央财政科研经费管理的若干意见》问答

    本文内容来源于微信公众号:科教和文化司,版权归原作者及刊载媒体所有,所刊载内容仅供交流参考使用,不代表本刊立场。 《国务院办公厅关于改革完善中央财政科研经费管理的若干意见》问答 2…

    2022年5月14日
    240
  • 党建专业强化管理穿透力

    党建专业强化管理穿透力 近年来,随着社会的发展和进步,企业规模不断扩大,管理问题也日益凸显。其中,党建专业的管理穿透力成为了企业管理者必须要重视的问题。 什么是党建专业?党建专业是…

    科研百科 2024年11月14日
    1
  • 有什么好用的协同办公软件

    协同办公软件是指用于多人协作和共享文档、数据和信息的应用程序,这些应用程序通常允许多人在一个平台上共享文件、编辑和审查文件,并支持多人在线会议和沟通。随着现代企业和组织越来越依赖数…

    科研百科 2024年8月29日
    37