归档文件在全宗中的位置是由前期系统化工作各个环节共同决定的，因此“编号”中的“号”也并不是一个简单的数字，而往往是包括全宗号、年度、保管期限、机构（问题）、件号等分类、排列要素在内的一组数字和字符的集合，统称为编号项目。编号项目分为必备项目和选择项目，必备项目包括全宗号、年度、保管期限和件号，它们是根据归档文件整理和管理工作的基本需要设置的，各机关档案部门在编号时都必须编制；选择项目则包括机构（问题）等，可在同级档案行政管理部门的指导下，由机关档案部门根据实际需要选择使用。
（一）全宗号
全宗是指一个国家机构、社会组织或个人形成的具有有机联系的档案整体。全宗号是档案馆对其接收范围内各立档单位所编制的代号。全宗号往往由各级档案馆按照进馆计划给定，新组建单位或暂未列入档案馆接收计划的单位，可将此项空置，留待给定全宗号后再行填写。无进馆任务的企事业单位等不设全宗号项。
（二）年度
年度指归档文件的形成年度。形成年度的判定方法，可参见第六章第二节年度分类法部分的有关内容。填写此项时，应采用公元纪年，以4位阿拉伯数字表示。如二〇一〇年表示为“2010”，不能简化为“10”。
（三）保管期限
保管期限是指机关文书部门、业务部门或档案部门在整理归档文件时，按照《文书档案保管期限表》给归档文件划定的存留年限。按照现行的国家档案局《文书档案保管期限表》，保管期限分为永久、30年、10年，可直接填写。
此外，对于机关档案保管期限，国家档案行政管理部门正在研究改革方案，待正式文件出台后，保管期限应按照新的规定进行填写。
（四）件号
件号即文件的排列顺序号，它是反映归档文件在全宗中的位置和固定归档文件的排列先后顺序的重要标识。件号分为室编件号和馆编件号两种。归档文件在分类、排列后，其位置得到确定，此时编制的排列顺序号为室编件号；移交进馆时，由于再鉴定、整理，归档文件在全宗中的位置发生变化，此时按照新的排列顺序重新编制的件号，称为馆编件号。
1．室编件号。室编件号即归档文件在分类方案的最低一级类目内的排列顺序号。室编件号应在分类方案的最低一级类目内，按文件排列顺序从“1”开始标注。
以采用“年度——组织机构——保管期限”进行分类为例。室编件号应在同一年度内、同一组织机构的一个保管期限内从“1”开始逐件流水编号。例如，办公室2010年形成的永久、30年、10年保管期限的归档文件，编号后形成3个流水号，即永久的从“1”开始编一个流水件号，30年的从“1”开始编一个流水件号，10年的也从“1”开始编制一个流水件号。
再如采用“保管期限——年度——问题”分类，室编件号就应在同一保管期限类同一年度的一个问题内从“1”开始逐件流水编号。如某厅永久类档案中，2010年形成的归档文件，编号后形成3个流水号，即综合类归档文件从“1”开始编一个流水件号，人事类归档文件从“1”开始编制一个流水件号，宣传类归档文件从“1”开始编制一个流水件号，等等。
2．馆编件号。馆编件号的设置主要是出于馆室衔接的需要。各档案室的永久、长期档案移交进馆时，由于各种原因往往需要进行鉴定、局部调整，如将部分档案抽出、补入等等，使目录中的件号出现断号、跳号等现象，从而增加了档案馆管理的难度，因此有必要重新编制件号。馆编件号项应预先设置，并在归档章和档案盒盒脊等处预留位置，需要时可直接填写，而不必重新盖章或更换档案盒。《规则》对馆编件号的编制方法不做具体要求，只提出“按进馆要求编制”，是因为该项主要取决于档案馆管理的需要，是否编制及怎样编制具体应由各级档案馆在《档案接收进馆质量标准》等相关文件中加以规定。
（五）机构（问题）
机构（问题）项之所以列为选择项，是因为在选择分类方法时，对于文件数量少或内部机构简单的机关，只选择年度、保管期限两种分类法就能满足整理工作的需要，无须再分机构（问题）。但对许多机关来说，选择机构（问题）进行分类还是必要的，在编号时也必须相应编制机构（问题）项。
填写机构项时，应按照分类方案，填写作为分类方案类目名的机构名称。如机构名称太长，可使用规范简称，如政策法规司可简称“政法司”，经济贸易处可简称为“经贸处”，但不能使用“一司”、“一处”等难以判定的简称。此外在全宗介绍中，应将机构名称与相应简称加以对照说明。填写问题项时，则可根据分类方案，直接填写“党群”、“行政”、“业务”等。
另外，各单位档案部门也可以设置其他一些选择项目。比如在档案室综合管理条件下，有的试点单位采用了“门类号”这一项目作为选择项，以便将文书档案与其他门类的档案区分开来。但归档章选择项目的设置，应在同级档案行政管理部门的指导下进行，以保证同一进馆范围内归档文件整理方法的协调一致，为未来档案移交进馆后的管理打好基础。
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