基层党组织领导力、凝聚力、战斗力存在不足。
一是部分基层党组织职责“虚化”。部分基层党组织“政治意识、大局意识、核心意识、看齐意识”不强，选择性的落实上级要求，致使有的上级决策部署执行不到位。履行党建主体责任时往往停留在嘴上多，落实到行动上少，致使党组织的政治工作悬浮在乡镇。
二是部分基层党组织作用发挥“弱化”。有些基层党组织抬头看“天”多，低头看“地”少。很少关心基层党员和群众的工作和生活，工作重心没放在给老百姓办实事上，有的基层党员受思想、年龄、能力等因素影响，没有在致富中走在前、发挥带头作用，致使基层党组织缺乏威信。
三是党员队伍青黄不接。党支部书记队伍普遍年龄老化、文化程度偏低。同时受城镇化进程影响，农村“空心化”问题严重，绝大部分青壮年外出打工，农村人才流失严重，后备人才急缺，经常出现“有事老的出不了门，年轻的常年找不着人”的现象。如果不能有效的抑制和解决农村人口不断外流的问题，农村基层党组织的后备队伍建设将无法得到有效的支撑，农村基层治理也很难达到理想的效果。大量农村青壮年劳动力流失，导致在传达落实上级政策部署、组织村民和多方力量自治、开展生产增收活动中力不从心，进而减弱了基层党组织的领导力、凝聚力和战斗力，最终局限了农村基层党组织在农村基层治理中的作用。
基层党组织覆盖率有待提高。农村基层治理是一个涉及方方面面、多个群体的系统性工程，而广大基层党组织作为基层治理的领导力量，必须充当“领头羊”的角色，让基层党组织书记成为乡村振兴的“主心骨”。
然而，在农村基层治理中党的全面领导作用之所以很难得到充分发挥，很大程度上受限于目前农村基层组织覆盖率低。
一是农村基层发展党员困难。党员干部的先锋模范、致富引领作用对农村的治理和发展至关重要。有的农村村支部书记思想落后，怕年轻人取代其位置，所以常年不发展党员。有的村受到城镇化进程影响，村里没有合适的人可以被发展为党员。现在农村的基本社会结构发生了很大变化，留守农村的多是老人、妇女、孩子和少部分中青年，绝大部分青壮年外出打工。但是鉴于老人、妇女和孩子的经济基础和人际关系交往等偏薄弱，基层党建和基层治理的重任很难交予他们。
二是存在基层党员流动性大，不能有效发挥作用的现状。随着经济社会的发展，大量农村党员外出务工，流动党员的规模和数量越来越大。因为流动频繁、制度缺失、管理不规范等诸多因素，部分农村流动党员成了“失联党员”“口袋党员”，党员在农村基层治理中的作用发挥更无从谈起。
三是部分基层党组织书记综合素质偏低，存在年龄偏大、学历水平低、能力差的状况。受城镇化进程的影响，多是年龄偏大、文化程度较低的党员担任农村基层党组织书记。部分党组织书记思想固化、创新意识缺乏，无法深入领会落实中央省市县关于基层治理的政策部署。
四是基层党组织的吸引力下降。受多方文化的影响，农村传统思想受到冲击，部分农村出现私利文化盛行现象；部分党员进取精神和开拓意识不足，自认为同于一般群众，没有发挥党员的模范带头作用。诸多因素造成基层党组织吸引力下降，基层党组织吸引力的下降，直接关系基层党组织的凝聚功能。
总之，受领导力、凝聚力等因素的限制，部分农村基层党组织的作用难以充分有效发挥。而以其作为平台的驻村干部受到一定程度的影响，难以发挥其应有的帮扶、引导作用。
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