一、基本支出与项目支出的概念
在《中央本级基本支出预算管理办法》中，对行政事业单位基本支出与项目支出有明确的定义。基本支出是指行政事业单位为保障其机构正常运转、完成日常工作任务而编制的年度基本支出计划，内容包括人员经费和日常公用经费两部分。项目支出是指行政事业单位为完成特定的工作任务或事业发展目标，在基本的预算支出以外，财政预算专款安排的支出。
二、基本支出与项目支出的区别
1、从支出的概念上看：基本支出是指行政事业单位为保障其机构正常运转、完成日常工作任务而编制的年度基本支出；项目支出是指行政事业单位为完成特定的工作任务或事业发展目标，在基本的预算支出以外，财政预算专款安排的支出。可以说基本支出是“养人”的费用，项目支出是“做事”的费用。
2、从支出的内容上看：基本预算支出其内容按其性质分为人员经费和日常公用经费两部分。其中：人员经费包括基本工资、补助工资、其他工资、职工福利费和社会保障费等；公用经费包括公务费、小型设备购置费和修缮费、业务费和业务招待费等。项目支出是除基本预算支出以外财政预算专项专款安排的支出。包括基本建设、有关事业发展专项计划、专项业务费、大型修缮、大型购置、大型会议等项目支出。
3、从支出的保障原则上看：基本支出是日常所需的必要支出，预算资金的安排首先保障行政事业单位基本支出的合理需要，以保证其机构正常运转和完成日常工作任务，一般列为基本支出的就不容易变动。项目支出是计划性支出，具有可变性，结合当年财力状况进行安排，在财政资金支出紧缩时，可以暂停、暂缓列支等。
4、从结余结转的情况来看：当年未支出的财政预算拨款按照性质划分为结转资金和结余资金。当年未支出的基本支出预算拨款全部为结转资金，基本支出没有结余资金。项目支出有结余资金和结转资金，对下一年度需要按照原用途继续使用的资金要记入结转资金，对下一年度不是按照原用途继续使用的资金要记入结余资金；对某一预算年度安排的项目支出，连续两年未使用或连续三年仍未使用完形成的剩余资金，也要记入结余资金管理。
5、从资金的支付的环节来看：项目资金支出管理的要求更高。项目资金在使用、支出的环节上要求比较严格，项目资金支出需要授权把关审批，对支付方式、支付金额等有明确的规定，一般要求按项目的进度程度和实施状况进行支付。基本支出在资金支付上，支付单位的自由度比较大，一般不需要严格的授权审批，只需要按单位内部的财务管理制度落实即可，并在使用上可以适当的调剂使用。
6、预算编制、预算管理的原则上看：基本支出预算编制的原则为：（1）综合预算原则。在编制基本支出预算时，预算内外资金要统筹考虑、合理安排。（2）优先保障原则。预算资金的安排首先保障行政事业单位基本支出的合理需要，以保证其机构正常运转和完成日常工作任务。（3）定员定额管理的原则。基本支出预算实行定员定额管理，在对行政事业单位进行分类分档的基础上，根据历年收支情况和保证正常运转的需要，测算制定基本支出定员定额标准，按照定额标准，核定单位的基本支出预算。对实行财政定额或定项补助以及没有财政拨款的事业单位，可以按照财务制度规定和部门预算编。项目支出预算管理的基本原则：（1）综合预算的原则。项目支出预算要体现预算内外资金统筹安排的要求。（2）科学论证、合理排序的原则。在对申报项目进行充分的可行性论证和严格审核的基础上，结合当年财力状况，按照轻重缓急排序，优先安排急需、可行的项目。（3）全程监控，追踪问效的原则。项目单位对项目支出的实施全程监控。
7、从立项角度来看：项目支出的所有项目都必须先有关部门审查立项，然后才能列入财政资金预算；基本支出一般是行政事业单位在年初时上报部门单位预算，财政部门审批后就可列支，一般不需要立项。
三、基本支出与项目支出之间的联系
1、从资金的来源上讲：基本支出与项目支出资金的来源都是财政公共资金，都是财政预算支出的组成部分，都要经过财政预算的管理列支。对未纳入预算的突发项目通过追加申请的方式列入预算项目支出。
2、从采购或招标的要求上讲：根据《中华人民共和国政府采购法》、《中华人民共和国招标投标法》的要求，项目支出和比较大的基本支出，都要进行政府采购或招标，经过政府采购和招标的基本和项目支出都应当严格按照批准的预算执行。
3、从记账的科目上讲：都属于支出的会计科目。
四、审计中需要明确的几个问题
1、要明确专项支出与项目支出的关系：专项支出即专项资金的支出，资金是由财政部门、上级单位和其他单位拨入的，有专门的指定项目或用途，用于完成专项工作，并且需要单独报账，不得改变用途挪作他用的专项资金的支出。专项资金包括个人部分（如：专项补贴、专项奖励等）和公用部分（如：专项购置、专项修缮等）。所以说专项支出不一定是项目支出。但项目支出一般都是专项支出。
2、要明确其他资本性支出与项目支出的关系：行政事业单位其他资本性支出 (除各级发展与改革部门集中安排的）用于反映购置固定资产、战略性和应急性储备、土地和无形资产，以及购建基础设施、大型修缮和财政支持企业更新改造所发生的支出。行政事业单位资本性支出一般包括：房屋建筑物购建、办公设备的购置、专用设备购置、大型修缮、信息网及软件购置更新、物资储备、土地补偿、公车用车购置等。可以说其他资本性支出一般都为专项支出，所以说其他资本性支出不一定是项目支出。
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