近年来，中国农业科学院基本建设工作紧紧围绕全院“建设世界一流农业科研院所”的发展目标，以科技创新工程为抓手，瞄准国家战略需求，统筹谋划，构建了一批国内一流、国际先进的农业科技创新支撑平台，基础设施完备、高标准的综合试验基地，有力地支撑了农业科技自主创新能力的提升。
系统梳理，找准定位。中国农科院京区现有近3500亩土地，分布在中关村、马连洼、香山、昌平南口及马池口等5处。强化顶层设计，科学规划布局，是支撑农科院可持续发展的首要任务。院党组高度重视，成立了专题工作组，历时半年多的研究论证，最终确定了《中国农业科学院京区土地功能定位方案》，第一次明确了农科院京区土地利用的整体框架，中关村院区主要承担基础研究、宏观研究、公共服务及院部等任务，马连洼院区主要承担基础、应用基础和应用等研究任务，香山院区逐步实现农业科普与展览功能等，为全院长远发展指明了方向。
精益求精，科学规划。院所区总体规划始终坚持“三个一流”，即国内一流设计院设计，国内一流行业专家把关，共谋一流规划成果。《中关村院区总体规划（2014-2020年）》分为科研办公、生活服务和科技产业3大功能区域，形成“两纵两横”的主干路网结构，构建“一轴五点”的景观空间；《马连洼院区总体规划（2014-2020年）》“瘦身减量”，打造院区连续慢行空间体系。
未来，通过规划引领、条件支撑与管理保障的良性互动，中关村、马连洼两院区的整体面貌将显著改善，科研装备与保障能力大幅提升，在建设“世界一流农业科研院所”的征程中更上层楼。
大力发展动物基因资源挖掘和分子育种技术，构筑我国种业发展的技术支撑体系，加快我国动物新品种开发能力和速度，是畜牧业增产增效和影响农业长期可持续发展的重要基础。为此，中国农科院谋划了国家畜禽改良研究中心项目并于2010年5月经国家发展和改革委员会批准立项。中心建成并投入使用后，主要农业动物的育种周期将由原来的7-10年缩短到4-6年，选择效率提高2-3倍以上，并鉴定出一批可用于主要农业动物超高产育种的基因资源。
国家畜禽改良中心自2013年3月开工，至今已建成科研楼及SPF动物房、畜禽饲养舍、现场检测室25726平方米，改造现有科研用房4052平方米，采购仪器设备495台（套）。
特产所位于吉林市昌邑区左家镇，是中国农科院历史上唯一处于村级行政辖区内的国家级研究所。偏僻的地理位置，沉重的社会负担，大大限制了研究所的发展和我国特种经济种植物领域的自主科技创新，为此，2004年特产所提出要筹建“特产科技创新中心”，2005年7月长春市净月经济开发区无偿划拨土地210亩，参与共建。
2010年以来，经周密谋划、统筹布局的特产所综合实验室及其二期、农业部特种经济动植物及制品质量安全监督检验中心、野生经济动物生物安全二级实验室改造工程等4个建设项目先后投入使用，一个高标准、功能设施完备、现代化的特产所长春所区呈现在世人面前，有力支撑了特产所科研重心向长春的转移，对吸引高层次科研人才，提高整体科研能力和可持续发展能力发挥了关键性的保障作用，为特产所向“国内一流、国际知名”的现代化农业科研院所目标奠定了坚实的硬件基础，必将极大提升我国特种经济动植物深加工的科技含量，拉动我国特种经济动植物产业的发展，提高我国特种经济动植物产品加工企业抵御市场风险的能力，推动我国“三农”问题的早日解决。
为充分发挥中国农科院成果、人才及综合科研优势，有效保障《国家粮食安全中长期规划纲要》提出各项目标的实现，中国农科院提出建设基础设施完备、科研条件先进、创新能力一流的以粮食增产科技创新、示范为主的综合试验基地。黄淮海地区是我国最主要的农产品生产区之一，2009年初，院党组决定在作科所、植保所以及其他有关研究所前期工作的基础上，在新乡县七里营镇建设万亩规模的综合试验基地。
为提高新乡综合试验基地基础设施综合配套能力，增强基地产业发展的基础承载能力，新乡综合试验基地基础设施建设项目于2011年2月获得农业部立项。经过3年的积极筹建，克服了异地建设的重重困难，新乡综合试验基地形成了主次干道相交的路网系统、四季常绿的环境系统、全天候无死角的安防监控系统，为科研人员的工作和生活提供了便利的交通、优美的环境和稳固的安全等综合服务与保障能力，为基地的整体建设奠定了良好的发展基础，进而助推小麦、棉花、果树苗木等科技成果面向黄淮海区乃至全国提供服务。
二噁英是一类具有强烈致癌、致畸和致突变作用的化合物，可通过种植作物和养殖动物蓄积，对农产品质量安全产生极大的风险，对人类健康和农业可持续发展构成威胁。
2014年10月，由中国农科院质标所承建的我国农业领域第一个二噁英检测实验室通过验收，构建了符合美国和欧盟标准的3条二噁英检测线，具备了对未知POPs和农产品中POPs代谢产物及生物标志物的筛查和鉴定能力，通过了中国合格国家实验室认可委员会认可、国家计量认证和国家资质认定，实现了国际接轨。
依托该平台，将进一步开展农产品、畜禽产品、饲料及饲料添加剂中二噁英及其类似物的高精度检测技术研究；二噁英及其类似物污染高风险地区的高风险农产品和生产投入品中二噁英污染规律研究；二噁英及其类似物代谢残留规律和毒理基础研究等，为政府主管部门对农业领域二噁英污染监管和决策提供有力的技术支撑。
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