高校、科研机构等创新主体承担的科研项目根据经费来源，一般分为纵向项目和横向项目两大类。
纵向项目是指从国家部委和各省市纳入财政计划的科研拨款中直接获得经费的项目，如国家重点研发计划、自然科学基金等。横向项目一般是为具体部门、企业等主体解决工作中的难题和技术攻关而立项，通过提供技术开发、技术咨询等服务而获得经费和酬劳的合作形式，不涉及财政资金。纵向项目和横向项目在经费管理方面存在较大区别，经费的激励分配也不尽相同。
一、纵向项目：间接费用可全部用于绩效支出
对于纵向项目，高校院所须按照国家和所在单位的相关制度严格执行，资金使用范围有明确的规定，人员激励分配机制也较为明确。
2021年8月，国务院办公厅印发《关于改革完善中央财政科研经费管理的若干意见》（国办发〔2021〕32号），在加大科研人员激励力度方面，提出：
一是间接费用可全部用于绩效支出。财政科研项目资金支出分为直接费用和间接费用。前者是指在项目研究过程中发生的与之直接相关的费用，如设备费、材料费、测试化验加工费、劳务费、专家咨询费等；后者是指项目在组织实施过程中发生的无法在直接费用中列支的相关费用，包括管理费用、绩效支出等。
其中，间接费用按照直接费用扣除设备购置费后的一定比例核定，由项目承担单位统筹安排使用。《若干意见》规定，项目经费500万元以下的部分，间接费用比例为不超过30%，500万元至1000万元的部分为不超过25%，1000万元以上的部分为不超过20%；对数学等纯理论基础研究项目，间接费用比例进一步提高到不超过60%。项目承担单位可将间接费用全部用于绩效支出，并向创新绩效突出的团队和个人倾斜。
二是稳定支持科研经费可提取不超过20%作为奖励经费。允许中央级科研院所从基本科研业务费、中科院战略性先导科技专项经费、有关科研院所创新工程等稳定支持科研经费中提取不超过20%作为奖励经费，由单位探索完善科研项目资金激励引导机制，激发科研人员创新活力。奖励经费的使用范围和标准由试点单位（扩大至所有中央级科研院所）自主决定，在单位内部公示。
《若干意见》提出“合理核定绩效工资总量”，但未直接明确间接费用中列支的绩效支出，以及从稳定支持科研经费中提取的奖励经费，与国有企事业单位绩效工资总量管理之间的关系，但我们看到部分地方科技计划项目经费管理办法已有所突破。
例如，2021年9月北京市财政局和北京市科委、中关村管委会印发的《北京市科技计划项目（课题）经费管理办法》（京财科文〔2021〕1822号）规定：实行工资总额管理的承担单位从科研经费中列支的编制内有工资性收入科研人员的绩效支出，一次性计入当年本单位绩效工资总量，但不受核定的本单位绩效工资总量限制，不作为核定下一年度绩效工资总量的基数，不作为社会保险费缴纳基数。
2023年2月广州市科技局印发的《广州市科技计划项目经费管理办法》（穗科规字〔2023〕2号）明确：项目承担单位属事业单位或国有企业的，在间接费用中列支的绩效支出以及从稳定支持科研经费提取发放的奖励支出，纳入单位绩效工资总量单列管理，不计入单位绩效工资总量调控基数。
二、横向项目：经费支出一般按约定执行
对于横向项目经费使用，一般从双方合同约定，也有一些单位和地方给出相关指导意见或管理规定。
例如，2016年8月中科院和科技部联合印发的《中国科学院关于新时期加快促进科技成果转移转化指导意见》（科发促字〔2016〕97号）规定，对横向课题经费和纵向课题经费施行分类管理，横向课题经费管理实行合同约定优先；院属单位应与合作单位依法签订合同或协议，约定任务分工、资金投入和使用、知识产权归属、权益分配等事项，经费支出按约定执行。
2018年11月湖北省财政厅印发的《湖北省省属高校院所横向科研项目经费管理办法》（鄂财教规〔2018〕9号）规定，横向科研项目结题验收后，结余经费由研发团队（研发团队公司）自主使用。鼓励研发团队（研发团队公司）用结余经费进行后续科研活动；鼓励研发团队（公司）用结余经费以创业资本或增资入股形式创办科技企业；鼓励研发团队（研发团队公司）用结余经费为招收的全日制本科生、硕士研究生、博士研究生缴纳学费。
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